青椒病害主要有：苗期病（猝倒病、立枯病）、病毒病、炭疽病和疮痂病（细菌性穿孔病）等；虫害主要有蚜虫、棉铃虫、烟青虫等。
    1、苗期病害的防治（1）在翻地前每亩均匀撒施70%的敌克松原粉25-30公斤。（2）每平方米苗床土用50%多菌灵乳油按1：1000均匀喷施。（3）在播种前2-3周，每平方米床土用40毫升的福尔马林加水2-4公斤，浇于床土上，经两周后再松土播种。（4）苗期如有少数猝倒病和立枯病的发生，可及时用70%五氯硝基苯5克加干土15-17公斤配成药土，撒入苗根茎防治。
    2、蚜虫的防治（1）在苗期开始就用药物防治，尤其在定植后的6月上旬，进行重点防治。（2）药剂选用：40%氧化乐果乳油1000倍液喷雾；50%的马拉硫磷1000-1800倍液喷雾，每隔7-10天均匀喷一次，以提高防治效果。
    3、棉铃虫、烟青虫的防治。6月初和7月上旬是1-2代幼虫发生期，可采用80%的敌百虫原粉加水稀释1000倍喷雾防治。
    4、病毒病的防治。定植后到现蕾前，每隔7-10天结合治蚜虫喷5%-15%硫酸锌一次。
    5、细菌性斑点病和炭疽病的防治（1）75%的百菌清可湿性粉剂600倍液喷雾；（2）50%炭疽福美可湿性粉剂300-400倍液喷雾；（3）农用链霉素或新植霉素各200ppm喷雾。一般连喷2-3次，可收到较好效果。